对于西药，康熙对治疟药金鸡钠有着特别的兴趣，原来康熙32年，他患了疟疾久治不愈，众医束手无策，恰逢法国的传教士洪若翰、刘应入京闻知，特进献金鸡纳，康熙服之而愈，大喜，给予重赏，赐广安门内广厦一所。此后康熙视金鸡纳为奇药，并把它作为“御制圣药”转赐患疟的大臣，以示恩宠。为了研究推广西药，康熙还恩准在宫中开设了实验室，供传教士制西药用。有时康熙还亲自给官员问病开方，中西药并用。他在宫内试种牛痘预防天花，效果较好。其后下诏推广，让边外四十九旗及喀尔喀——蒙古人也种牛痘。“初种时年老人尚以为怪”，康熙“坚意为之”。

　　禁止吸烟

　　康熙从不饮酒，也厌恶抽烟。但是，大臣史贻直和陈元龙，却嗜烟如命，成天烟袋不离手。康熙打算让两人把烟戒掉。一年，康熙去江南出巡，史、陈两人也随行。皇帝御车在山东的德州驻跸。康熙当面赏赐两人各一枝水晶杆的烟袋，让他俩当众抽吸。俩人闹不清康熙的真正用意，还有些受宠若惊，马上装烟点火抽起来。谁想，刚一用力吸，隔着透明的烟杆清楚地看到了火星顺杆直往上冒，劈啪作响，直到唇边，还发出更响的爆裂声。史、陈二人到这时才明白康熙的真正用意。这时，俩人再也不敢吸烟，并且从此戒了烟。